Завоевание княжества Самцхе-Саатабаго имело большое значение для Ирана и Турции, так как давало стратегическое преимущество перед противником и облегчало захват всей Грузии. Из Самцхе можно было легко проникнуть в Западную Грузию и в Картли. Потеря княжества Самцхе могла крайне осложнить борьбу других царств и княжеств Грузии за независимость. Поэтому картлий­ские и имеретские цари всецело старались не допустить господства Турции или Ирана в Самцхе.

К сожалению, сами самцхийские атабаги, исходя из своих узких интересов, больше искали защиты от картлийских и имеретских царей, чем от османов и иранцев. Так, например, поступил самцхийский атабаг Мзечабук, когда пропустил османов через территорию своего княжества и открыл им путь к Имерети. После его смерти в 1515 году в Самцхе разгорелась вражда между братом Мзечабука Манучаром и двоюродным братом Мзечабука – Кваркваре, сына Кай­хосро. Манучар придерживался протурецкой ориентации. При поддержке своих сторон­ни­ков ему удалось нанести поражение Квар­кваре, а последний, в свою очередь, обратился за помощью к шаху – Исмаилу и занял Самцхе. Кваркваре атабаг стал вассалом шаха и в 1518 году был среди кызылбашей, вторгшихся в Картли. В 1533 году турецкий султан Сулейман I заключил мирный договор с габсбургами и через год после этого возобновил войну с кызылбашами. Османы вторглись в Армению и заняли ряд ее городов. Пользуясь сложившейся ситуацией, царь Баграт III, как было отмечено выше, вошел в Самцхе. В 1535 году в Мурджа­хетской битве Кваркваре попал в плен и княжеством Самцхе завладел имеретский царь. Отар Шаликашвили отвез малолетнего сына Кваркваре – Кайхосро к турецкому султану и попросил содействия в борьбе с Багратом III. Султан был занят войнами в Европе и проблемы атабага его не волновали. Тем не менее он приказал Арзрумскому беглар-бегу выступить против Баграта. Особых успехов они не достигли, но образовали турецкие административные единицы на территории Тао и Кларджети. Это была первая попытка внедрения турецкой административной системы в Грузии, что уже означало вхождение грузинских земель в состав Османской империи.

В 1545 году в битве при Сохоисте Баграт III и Луарсаб I потерпели поражение.

Атабаг Кайхосро занял Самцхе. Луарсаб пока еще сохранял за собой Джавахети. Кайхосро вошел в союз с шахом-Тамазом против Картли. Как видно, Кайхосро был недоволен тем, что Турция поставила свои гарнизоны в самцхийских крепостях, и изменил свою ориентацию. Атабаги лави­ровали между Турцией и Ираном, но такая политика не могла принести им успеха. Султан Сулейман вновь заключил мирный договор в Европе и стал готовиться к войне с Ираном. Кайхосро снова изменил свою ориентацию и послал посла к султану. Но султан уже не доверял атабагу, он ему был и не нужен. Сулейман собирался завоевать Самцхе. В 50-ых годах XVI века османы заняли Тао, Кларджети, Артаани. Между тем шах-Тамаз подверг разорению восточные районы Самцхе.

Согласно Амасийскому миру (1555), княжество Самцхе-Саатабаго было разделено между Ираном и Турцией. Западная часть княжества досталась Турции, а восточная – Ирану. Кайхосро стал атабагом в части, принадлежащей Ирану. После его смерти, в 1574 году атабагом стал его сын Кваркваре IV. Тяжелая ситуация в атабагстве еще больше осложнила внутренние противоречия между Джакели и Шаликашвили, продол­жавшиеся в течение двух лет. В этой борьбе самцхийские князья поддерживали Шали­кашвили. Перевес был то на одной, то на другой стороне, крепости переходили из рук в руки, многие из них были разрушены. В этой жестокой и беспощадной борьбе победи­телями вышли Джакели. В это же время был нарушен Амасийский мир.

В 1578 году Лала-Мустафа паша вторгся в Южную Грузию и несмотря на оказанное упорное сопротивление занял ряд крепостей. Ему не удалось взять лишь крепость Мгел­цихе, защитники которой во главе с братьями Гогоришвили в течение пяти суток сражались с османами. Лала-паша был вынужден оставить крепость.

После победы, одержанной в Чилдырской битве, паша принял у себя Манучара Джа­кели (брата Кваркваре), который явился к нему с 6000 воинов и изъявил свою покор­ность. Манучар наблюдал за ходом битвы с вершины горы, намереваясь встать на сторону победителя. Он надеялся, что османы пере­дадут ему атабагство. После взятия Ахалцихе, к османам заявился и Кваркваре. Турки раз­делили атабагство на несколько админи­стративных единиц, одна из которых досталась в управление Манучару.

В 1579 году на территории атабагства турки образовали Чилдырский (Ахалцих­ский) пашалык и назначили пашой омусуль­ма­­нив­шегося Манучара (Мустафу). В 1582 году Манучар вновь принял христианство и поднял в Самцхе восстание. Через год он женился на дочери царя Симона I – Елене. Этим еще больше упрочился союз картли­й­ского царя и атабага.

В 1587 году против Манучара двинулось большое войско османов. Атабаг попросил помощи у картлийского царя. Царь Симон I перешел в Самцхе, но ему вскоре пришлось вернуться, так как османы вторглись и в Картли. К османам явились князья Шаликаш­вили и другие противники Джакели. Османы взяли Ахалцих, после чего Манучар был вынужден покинуть Самцхе.

По ирано-турец­кому договору 1590 г. Самцхе-Саатабаго (как и весь Южный Кавказ) перешло к Турции. Южная Грузия надолго вошла в состав Турции. Ос­маны произвели перепись Самцхе-Саатабаго, пере­име­нованный в «Гурджистан­ский вила­йет». В 1595 году «Гурджистанский вилайет» был разделен на 8 административных единиц, в которые входило 1160 деревень. В Самцхе была введена турецкая система землевла­дения. Землей могли владеть только приняв­шие мусульманство и состоявшие на службе у султана грузинские феодалы, перед кото­рыми стоял выбор: либо мусульманство и сохранение владений, либо лишение владений. Началось преследование христиан, уничто­жение христианских церквей и монас­тырей и строительство мечетей. Местное население было обложено тяжелыми нало­гами. Крес­тьяне в массовом порядке покидали деревни. Полностью опустело около 300 деревень. На опустевшие территории турки стали пересе­лять чужеземцев. Этот древний исконно грузинский край оказался на грани пере­рож­дения.

Потеря Южной Грузии чрез­вычайно осложнила борьбу против осма­нов, но грузинский народ не мирился с гос­подством турок в Самцхе-Саатабаго. Нес­мотря на упорное сопротив­ление населения поло­жение в Самцхе оставалось крайне тя­желым.

1. Царь Баграт III. Власть царя Александра II распространилась на Гурию, Мегрелию, Абхазию и Сванети. Почти вся Западная Грузия подчинялась царю, хотя тавады (князья) лишь формально признавали его власть. Между тем Александр II пытался укрепить свои позиции не только в Западной Грузии, но и в Картли. В 1509 году он предпринял поход в Картли и занял город Гори. Таким образом, в его руках оказалась часть территории Картли, но удержать ее надолго ему не удалось, так как он вынужден был вернуться в Имерети из-за внезапного нападения османов. Царь не застал уже их: османы сожгли Кутаиси, Гелати и покинули Грузию. Это было их первое вторжение в Имерети. Османская Турция непосредственно не граничила с Имерети. Их разделяло Самцхе-Саатабаго, через территорию которой самцхийские атабаги, думающие только о собственном спасении, беспрепятственно пропускали османов.

В 1510 году имеретский царь Александр II скончался и на престол вступил его сын Баграт III.

Баграт III помог своему зятю Луарсабу I воцариться в Картли и взамен получил западную Картли (Али, Сурами, Ахалдабу). Имеретскому царству большая опасность угрожала со стороны Турции, которая к тому времени подчинила себе племя джиков и стала непосредственным соседом Грузии на северо-западе. Баграт III попытался нанести удар туркам именно с этой стороны. По его инициативе гурийские и мегрельские князья Мамиа Дадиани и Мамиа Гуриели выступили против джи­ков. Первое столкновение с ними закон­чилось победой грузин, но в следующем сражении они потерпели поражение вследствие разногласий, возникших между Дадиани и его воинами, большая часть которых покинула поле боя. Оставшиеся бойцы не смогли оказать должного сопротивления османам. В результате Мамиа Дадиани погиб, а Гуриели попал в плен. Несмотря на поражение, Баграт не сложил оружия. Теперь он решил выступить против Самцхе. Пользуясь поддер­жкой гурийских и одишских князей, в 1535 году Баграт III вторгся в Самцхе. В бою при Мурджахети (близ Ахалкалаки) Баграт одержал победу и захватив в плен атабага Кваркваре Джакели, присоединил к себе княжество Самцхе-Саатабаго. Царь передал князю Гуриели Аджарию и Чанети и тем самым склонил его на свою сторону, но зато Дадиани остался на него в обиде. Многие князья Самцхе не примирились с присоеди­нением к Имеретскому царству и обратились за помощью к Турции. Влиятель­ный самцхий­ский князь Отар Шаликашвили явился к турецкому султану с малолетним сыном Кваркваре – Кайхосро и попросил вернуть ему отнятые владения. Однако внимание турецкого султана Сулеймана I (1520-1566) было приковано к Египту и Европе, поэтому его мало интересовали чужие проблемы. Тем не менее успехи имеретского царя Баграта не могли его не тревожить и незванного гостя наверняка следовало ожидать в Имерети. Поэтому Баграт стал искать сильного союзника против османов. С этой целью в 1541 году он явился к шах-Тамазу, находив­шемуся в Картли и попросил его оказать ему помощь против Турции.
В 1543 году турецкий султан прислал в Имерети 20-тысячное войско, но царь Баграт при поддержке Гуриели разгромил его. Одишский князь Леван Дадиани, будучи обижен на царя, не принял участия в сраже­нии. В 1545 году султан вновь прислал войско. Леван Дадиани снова отказался по­мочь имеретинскому царю. На помощь Баграту пришел царь Луарсаб I. Битва про­изошла в Басиани, на поле Сохоиста. Перед началом боя месхетинцы изъявили желание выступить в передовом отряде, но почему-то получили отказ. Тогда месхетинцы вообще покинули поле боя. Большая часть грузин­ского войска погибла в сражении, и несмотря на упорное сопротивление, победа досталась османам.

После этого Баграт III попытался под­чинить себе непокорного князя Дадиани. Он пригласил его на заседание Дарбази и арес­товал его. Царь предложил князю Гуриели выступить совместно против Одиши, но Гуриели усомнился в искренности намере­ния царя и не явился к нему. Усиление Баг­рата не устраивало и ата­бага Кайхосро. Кайхосро помог Левану Дадиани бежать из плена. Леван сговорился с Гуриели и с его помощью вернул себе княжество. Как и Одиши, Гурия также вышла из подчинения царю и За­пад­ная Грузия факти­чес­ки распалась на нес­колько частей. В этот пе­риод в Западной Грузии распростанилось такое страшное явление, как торговля пленными. С этим явлением царь Баграт повел решитель­ную борьбу. Было созвано церковное собра­ние, на котором присутствовал и картлийский католикос. Собрание приняло решение о введении смертного наказания за торговлю пленными. Но оно не оказало действенного воздействия на торговцев пленными, так как всячески поощрялась османами.

Турецкая агрессия возобновилась с новой силой после Амасийского мира (1555 г.), по которому Иран признал Западную Грузию под владычеством османов. Баграт III и Луарсаб I понимали, что если такие крупные государства, как Турция и Иран договорятся и поделят между собой Грузию, то бороться с ними Грузии будет очень трудно. Поэтому Баграт III попытался сорвать мирный договор между ними и предъявил претензию на Сурами, который должен был стать яблоком раздора между Ираном и Турцией. Послы шаха убеждали султана, что грузины хотят таким путем противопоставить их друг другу и поэтому необходимо скорейшее заключение договора.

При Баграте III резиденция католикоса Абхазии (Западной Грузии) была перенесена из Бичвинты в Гелати.

В 1565 году Баграт III умер.

2. Борьба в Западной Грузии за пер­венство во II половине XVI века. После смерти Баграта III Западная Грузия была охвачена внутренними междоусобицами. На имеретский престол вступил сын Баграта III Георгий II (1565-1583). Новый царь восполь­зовался разногласиями между Дадиани и Гуриели и установил связь с гурийским мтаваром. В 1568 году, проиграв сражение в Ианети, Дадиани обратился за помощью к Турции. Султан прислал ему девять кораблей и вспомогательное войско. Устрашившись столь грозной силы, Гуриели отложился от царя и попросил у Дадиани примирения. В 1572 году Леван Дадиани погиб на охоте и мтаваром Одиши (Мегрелии) стал его сын Георгий. Имеретский царь Георгий II женил своего сына Левана на дочери Георгия Дадиани. Таким путем удалось установить мир и спокойствие в Западной Грузии, однако мир этот был непрочный и в любую минуту мог нарушиться.

И действительно, после смерти имерет­ского царя Георгия II возникли противоречия между его сыном Леваном и двоюродными братьями. Обострились отношения также между Дадиани и Гуриели. Этим восполь­зовался картлийский царь Симон I и перешел в Западную Грузию. Он разбил войско Левана и занял Кутаиси. Но в Имерети он не мог долго оставаться, так как должен был руководить борьбой против османов в Картли. Как только Симон покинул Кутаиси, Леван вернул себе трон. Вскоре Дадиани выступил против имеретского царя, победил его и заключил в тюрьму, где царь скончался. Дадиани посадил на имеретский престол двоюродного брата Левана – Ростома. Но это пришлось Гуриели не по нраву и он выступил против имеретского царя. В такой ситуации царь Симон вновь попытался занять Имерети. Ему удалось взять Кутаиси и другие значительные крепости Имерети. Кроме этого, Симон решил захватить Ростома, дабы еще больше усилить свою власть. Но в решающем бою картли­й­ский царь потерпел поражение. Имеретские князья, которые раньше поддерживали Симона I, на этот раз изменили ему, поскольку они боялись усиления картлийского царя.

Одновременно с турецкой агрессией все более и более усложнялась обстановка в Западной Грузии.