5 ноября 1995 года в Грузии прошли президентские выборы, победу на которых одержал Эдуард Шеварднадзе, набрав 72,9 % голосов.

В Тбилиси с 25 по 30 апреля 1997 года при поддержке ЮНЕСКО, Совета Европы, Президента и Парламента Грузии были проведены первые в истории Международные молодёжные Дельфийские игры, а также второй Международный Дельфийский конгресс (англ. Second World Delphic Congress).

Приблизительно с 1998 года Шеварднадзе начал проводить радикально прозападный политический курс. Страна согласилась строить нефтепровод Баку - Тбилиси - Джейхан в обход России, впервые пригласила для обучения армии инструкторов из США.

9 февраля 1998 года президент пережил третье покушение. В центре Тбилиси его кортеж был обстрелян из гранатомета и автоматического оружия. Однако бронированный «Мерседес» спас ему жизнь.

Летом 1998 года Шеварднадзе прислал Ельцину письмо, в котором потребовал созвать внеочередную встречу глав государств СНГ для срочного решения вопроса о возвращении беженцев в Абхазию.

В октябре 1998 году вспыхнул мятеж Акакия Элиавы, подавленный правительственными войсками.

13 декабря 1999 года Шеварднадзе в традиционном выступлении по радио в очередной раз заявил, что Грузия даст «достойный ответ» террористам, если они попытаются войти на её территорию. Однако Грузия, по словам Э.Шеварднадзе, по-прежнему будет принимать чеченских беженцев и предоставит им временное прибежище. Грузинский лидер выразил удовлетворение заявлением председателя правительства России Владимира Путина, в котором тот сказал, что не намерен допустить разрастание конфликта в Чечне на весь Кавказ.

9 апреля 2000 года переизбран президентом Республики Грузия, получив более 82 % голосов избирателей, принявших участие в выборах.

25 мая 2001 года была предпринята попытка государственного переворота батальоном национальной гвардии, однако на следующий день после переговоров с Шеварднадзе батальон в полном составе вернулся к месту дислокации.

В сентябре 2002 года Шеварднадзе заявил, что после завершения президентского срока правления в 2005 году он намерен уйти на пенсию и начать писать мемуары.

8 октября 2002 года Шеварднадзе заявил, что его встреча с Путиным в Кишинёве стала «началом перелома в грузино-российских отношениях» (лидеры стран заявили о готовности совместной борьбы с терроризмом).