5 ноября 1995 года в Грузии прошли президентские выборы, победу на которых одержал Эдуард Шеварднадзе, набрав 72,9 % голосов.

В Тбилиси с 25 по 30 апреля 1997 года при поддержке ЮНЕСКО, Совета Европы, Президента и Парламента Грузии были проведены первые в истории Международные молодёжные Дельфийские игры, а также второй Международный Дельфийский конгресс (англ. Second World Delphic Congress).

Приблизительно с 1998 года Шеварднадзе начал проводить радикально прозападный политический курс. Страна согласилась строить нефтепровод Баку - Тбилиси - Джейхан в обход России, впервые пригласила для обучения армии инструкторов из США.

9 февраля 1998 года президент пережил третье покушение. В центре Тбилиси его кортеж был обстрелян из гранатомета и автоматического оружия. Однако бронированный «Мерседес» спас ему жизнь.

Летом 1998 года Шеварднадзе прислал Ельцину письмо, в котором потребовал созвать внеочередную встречу глав государств СНГ для срочного решения вопроса о возвращении беженцев в Абхазию.

В октябре 1998 году вспыхнул мятеж Акакия Элиавы, подавленный правительственными войсками.

13 декабря 1999 года Шеварднадзе в традиционном выступлении по радио в очередной раз заявил, что Грузия даст «достойный ответ» террористам, если они попытаются войти на её территорию. Однако Грузия, по словам Э.Шеварднадзе, по-прежнему будет принимать чеченских беженцев и предоставит им временное прибежище. Грузинский лидер выразил удовлетворение заявлением председателя правительства России Владимира Путина, в котором тот сказал, что не намерен допустить разрастание конфликта в Чечне на весь Кавказ.

9 апреля 2000 года переизбран президентом Республики Грузия, получив более 82 % голосов избирателей, принявших участие в выборах.

25 мая 2001 года была предпринята попытка государственного переворота батальоном национальной гвардии, однако на следующий день после переговоров с Шеварднадзе батальон в полном составе вернулся к месту дислокации.

В сентябре 2002 года Шеварднадзе заявил, что после завершения президентского срока правления в 2005 году он намерен уйти на пенсию и начать писать мемуары.

8 октября 2002 года Шеварднадзе заявил, что его встреча с Путиным в Кишинёве стала «началом перелома в грузино-российских отношениях» (лидеры стран заявили о готовности совместной борьбы с терроризмом).

Первые годы независимости Грузии прошли в условиях гражданской войны и межэтнических конфликтах. За восемь месяцев своего правления Гамсахурдия испортил отношения с грузинской интеллигенцией и предпринимателями, а также допустил чрезвычайное обострение отношений с национальными меньшинствами, которое вылилось в грузино-южноосетинский конфликт. 1 сентября сессия Совета народных депутатов Южной Осетии провозгласила Республику Южная Осетия. На следующий день в Тбилиси на проспекте Руставели состоялся митинг Национально-демократической партии Грузии (НДП), на котором выдвигались требования от отставки президента и правительства Грузии до самоликвидации и перевыборов Верховного Совета. Находившиеся на месте ОМОН, открыл огонь, в результате чего ранения получили 6 человек. К 11 сентября требование немедленной отставки Гамсахурдия поддержали лидеры 25 политических партий. В ходе перестрелки в ночь с 4 на 5 октября между военными подразделенимям и оппозицией погибли двое сторонников Гамсахурдия, после чего 8 октября на чрезвычайной сессии парламент Грузии принял резолюцию, в которой эти события были расценены как попытка государственного переворота. Одновременно напряжённые отношения складывались и с Национальной гвардией. Утром 22 декабря части Национальной гвардии под предводительством Тенгиза Китовани и отряды Мхедриони под командованием Джабы Иоселиани подняли в Тбилиси мятеж против Гамсахурдия. Две недели в грузинской столице шла настоящая война с использованием артиллерии и танков. 6 января 1992 года Гамсахурдия и его сторонники покинули бункер Дома правительства, а затем и страну. Тем временем 19 января в Южной Осетии прошёл референдум, в результате которого 98 % проголосовавших высказались за независимость и присоединение к России.

После свержения Гамсахурдии власть в Грузии перешла к Военному Совету, вскоре преобразованному в Государственный Совет (Госсовет) Грузии. 10 марта во главе Госсовета встал бывший Первый Секретарь ЦК Компартии Грузинской ССР Эдуард Шеварднадзе. К моменту его прихода к власти внутриполитическая обстановка в Грузии продолжала оставаться тяжёлой. В севере страны продолжались грузино-осетинские вооружённые столкновения, а на западе шли протесты сторонников свергнутого президента (звиадисты), которые не смирились с его изгнанием. Одновременно накалилась обстановка и в Абхазии. 23 июня абхазская часть Верховного Совета Абхазии аннулировала Конституцию 1978 года и восстановила Конституцию 1925 года. На следующий день в 3 часа утра более ста сторонников Гамсахурдия захватили здание телецентра в Тбилиси, а в 6 часов утра в эфир вышел один из соратников свергнутого президента Вальтер Шургая, который призвал людей собраться возле телецентра и потребовать возвращения Звиада Гамсахурдия. Спустя несколько часов войска окружили телецентр и пошли на штурм, освободив здание и арестовав мятежников. В тот же день Шеварднадзе подписал с российским президентом Борисом Ельциным Сочинское соглашение, завершающие боевые действия в Южной Осетии. В результате Южноосетинской войны Грузия потеряла контроль над 60 % территории региона, а самопровозглашённая Республика Южная Осетия стала де-факто независимым, но непризнанным государством.

В то же время обстановка стала накаляться в Абхазии и в Западной Грузии. Действовавшие в Западной Грузии звиадисты совершали диверсии, взрывы и нападения на представителей власти. 9 июля ими был похищен заместитель премьер-министра и председателя Комиссии по правам человека и межнациональным отношениям Александр Кавсадзе. Собравшийся в столице 25 июля Госсовет признал восстановление абхазской конституции 1925 года не имеющим юридической силы. 12 августа в Абхазию, где звиадисты скрывали заложников, под командованием Тенгиза Китовани двинулись свыше 3 тыс. бойцов Национальной Гвардии. Власти предъявили ультиматум до 9 часов утра 13 августа освободить все лица, «взятые в заложники бандитами, действующими в Западной Грузии». 14 августа в Абхазию вошли отряды Национальной гвардии, где вскоре развернулись военные действия. Отряды Национальной гвардии продвинулись до реки Гумиста, а впоследствии заняли практически всю территорию Абхазии, включая Гагру и Сухуми. К октябрю абхазы перешли к наступательным действиям. 6 октября в ходе боёв под их контроль окончательно перешла Гагра. 11 октября в стране состоялись парламентские выборы, по итогом которых Шеварднадзе был избран председателем Верховного Совета Грузии, набрав 90 % голосов.

27 июля 1993 года после длительных боёв в Сочи было подписано соглашение о временном прекращении огня в Абхазии, в котором Россия выступала в роли гаранта. Однако осложнилась обстановка в Мегрелии, где 28 августа звиадисты захватили ряд населённых пунктов в Мегрелии: Сенаки, Абаша и Хоби. В начале сентября абхазы нарушили перемирие и возобновили наступление на Сухуми. Одновременно звиадисты развернули боевые действия в Западной Грузии. 24 сентября Гамсахурдия вернулся в Западную Грузию и возглавил в Зугдиди так называемое «Правительство в изгнании», поставив целью восстановление законной власти в стране. 27 сентября абхазские войска взяли столицу Абхазии, устроив резню мирного населения, а к 30 сентября абхазские вооружённые формирования вышли к административной границе Абхазии, изгнав грузинские войска. На рассвете 17 октября звиадисты атаковали Самтредиа и спустя несколько часов овладели им, а 19 числа практически без боя заняли Ланчхути. Развивая успех, сторонники Гамсахурдия на следующий день начали массированное наступление на второй по величине город Грузии — Кутаиси, падение которого открывало дорогу на Тбилиси. Сдержав натиск противника под Кутаиси, правительственные войска перешли в наступление и освободили ряд городов в Западной Грузии, захваченных звиадистами. 6 ноября практически без боя пал последний оплот звиадистов — Зугдиди. Остатки сторонников Гамсахурдия рассеялись в лесах Цаленджихского района, а сам свергнутый президент скрылся. 31 декабря Звиад Гамсахурдия погиб при невыясненных обстоятельствах в селе Дзвели Хибула в горной области Самегрело.

В последние годы существования Советского Союза в Грузии активны были как грузинские, так и абхазские националисты. С апреля 1989 года в Тбилиси ежедневно проходили митинги с требованиями восстановления независимости Грузии. Ранним утром 9 апреля 1989 года части внутренних войск СССР и Советской Армии разогнали многотысячный оппозиционный митинг у Дома правительства на Проспекте Руставели. Теперь день 9 апреля отмечается как государственный праздник Грузии — День национального единства. Верховный совет Грузинской ССР перешел под контроль национал-радикалов и взял курс на выход из СССР. 9 марта 1990 года он принял постановление «О гарантиях защиты государственного суверенитета Грузии», в котором ввод Красной Армии в Грузию в 1921 году был назван оккупацией и аннексией. В апреле 1990 года в Грузии возник блок «Круглый стол — Свободная Грузия» (в его составе были — Хельсинкский союз Грузии, Общество Ильи Праведного, Всегрузинское общество Мераба Костава, Союз грузинских традиционалистов, организация «Национальный фронт — Радикальный союз», Национально-христианская партия Грузии), целью которого было объявлено выход Грузии из СССР, вывод из республики частей Советской армии и вступление Грузии в НАТО, восстановление Конституции Грузии 1921 года, проведение рыночных реформ, в том числе приватизации государственных предприятий и передача земли крестьянам. В ноябре 1990 года председателем Верховного совета Грузинской ССР стал Звиад Гамсахурдия, одновременно был принят закон, соглаcно которому страна стала называться Республика Грузия. Власти Грузии отказались проводить мартовский референдум о сохранении СССР.

9 апреля 1991 года в 12 часов 30 минут Верховный Совет Грузии принял Акт о восстановлении государственной независимости Грузии. Одновременно была учреждена должность Президента Республики Грузия. 26 мая состоялись всеобщие президентские выборы, победу на которых одержал Звиад Гамсахурдия, набравший 87 % голосов.

19 августа 1991 года президент Гамсахурдия, по совету руководителя Аджарии Аслана Абашидзе, исполнил указ ГКЧП о расформировании всех незаконных военных формирований, упразднив Национальную гвардию Грузии и переподчинив её личный состав республиканскому МВД. После провала путча ГКЧП Гамсахурдия заявил, что это решение было принято во благо народа, для защиты от возможных силовых акций со стороны войск Закавказского военного округа. При этом Национальная гвардия отказалась выполнять решение Гамсахурдии о своём роспуске; началось вооружённое противостояние пропрезиденстских сил и Национальной гвардии, завершившееся свержением президента.