XVI-XVII века – один из самых тяжелых периодов в истории Грузии. Страна была раздроблена на части. В результате ирано-турецкой агрессии резко сократилось насе­ление, экономика пришла в полный упадок. Все это, естественно, оказало свое воздействие на развитие культуры.
Значительным событием в истории грузинской культуры было издание первой грузинской печатной книги. В Италии по инициативе Никифоре Чолокашвили был напечатан грузинско-итальянский словарь. Никифоре Чолокашвили был послом Тейму­раза I в Европе. В 1626-1629 году он имел встречи с испанским королем Филиппом IV и Римским папой Урбаном VIII, но его миссия оказалась безрезультатной. В восьмилетнем возрасте Никифоре был послан в Италию учиться. Его отдали в греческую школу, где он стал монахом. Это был всесторонне образованный человек; он владел француз­ским, испанским, итальянским, арабским, турецким языками. В 40-ых годах XVII века был настоятелем Иерусалимского Крестового монастыря и кандидатом Иерусалимского патриаршества.
1. Очаги культуры и просвещения. Мо­лодежь получала образование в семьях и церквах- монастырях. Крупных просве­тительских центров в Грузии в это время уже не сущес­твовало. В XVII веке в Грузию приезжали католики-мис­сионеры с целью распростра­нения католической веры. Они открывали свои школы, в которых обучали: грузинскому, латинскому, итальянскому язы­кам, а также другим предме­там. Одаренную молодежь посылали учиться в Европу. Откры­тые католиками-мисси­онерами школы функциони­ровали в Тбилиси, Гори, Ку­та­иси, хотя некоторые грузин­ские феодалы с самого же начала посылали своих детей учиться за границу, однако их число было невелико.
Тбилиси вновь оставался мощным очагом просвещения. Одним их значительных просветительских центров оставался Гелат­ский монастырь. Особенно возрос его престиж после того, как сюда была перенесена резиден­ция абхазского католикоса. Культурная деятельность протекала также в епископских и княжеских центрах просвещения. Продол­жали функционировать грузинские монас­тыри в Иерусалиме и на Афонской горе, хотя и в тяжелых условиях. В южной Грузии были совершенно уничтожены грузинские куль­турные  центры.
2. Историография. До нас дошло всего несколько исторических сочинений XVI-XVII веков.
В XVI веке была создана фамильная летопись рода Джакели, известная под названием «Хроника месхетинских псалмов». В ней повествуется в основном история Самцхе-Саатабаго в 60-80-х годах XVI века. Здесь мы находим сведения и о других уголках Грузии. Автор летописи неизвестен. Полагают, что им должен был быть один из представителей рода Джакели – современник описываемых событий. В XVII веке в Иране подвизался грузинский историк Пар­са­дан Горгиджанидзе, воспитанный при дворе Ростом-хана. Ростом-хан отправил Парсадана в Картли на свою должность таруга. Парсадан Горгиджанидзе написал историю Грузию с древнейших времен до 1696 года. Особый интерес и значительность представляет последняя часть сочинения, где излагается история Грузии XVII века, так как он был очевидцем многих фактов и явлений, описываемых им в этой части. В то же самое время он привлекает в своем сочинении и многие сведения иранских историков. Труд Парсадана Горгиджанидзе является ценным источником по истории Грузии.
В 30-40-ых годах XVII века по указанию супруги Ростом-хана ца­ри­­цы Мариам был переписан лето­писный сборник «Картлис Цхов­реба», поэтому эта копия называется «Ма­ри­амовским» списком летопис­ного свода. Во второй половине XVII века была сделана еще одна копия «Картлис Цховреба», автор которой неизвестен.
3. Литература.  Замечательным поэтом своего времени был царь Теймураз I. Всю свою жизнь он боролся против иранских порабо­тителей, поэтому его творчество испытывает влияние персидской (иранской) литературы. Одним из главных его произве­дений является историческое сочинение «Мученичество царицы Кетеван», в котором описываются события обрушившегося на Кахети несчастья – нашествия шах-Аббаса и мученическая смерть его матери – царицы Кетеван. Он является также автором многих ориги­наль­ных поэтических произведений: «Беседа весны с осенью», «Беседа с вином», «Лик Тамар на Давид-Гареджи», «Хвала ал­фавиту» и др. Теймураз перевел на грузинский язык некоторые произведения иранской поэзии.
В исторической поэме Фе­шанга Хита­ришвили «Шахнава­зиани» описывается деятель­ность Вахтанга V.
Другим царем-поэтом XVII века был сын Вахтанга V-го Ар­чил. В его главном произве­дении «Беседа Теймураза и Рус­тавели» дан обзор событий XVII века. Его перу принадлежат инте­ресные произведения: «Беседа крестьяни­на с селом», «Нравствен­ность Грузии» и др. По поручению Арчила тби­лисский митрополит Иосиф Тбилели (Саа­кад­­зе) написал «Дидмоура­виани», в котором описана жизнь и деятель­ность Георгия Саакадзе. В XVII веке было создано произ­ведение героико-приключен­ческого жанра «Русуданиани». В нем расска­зывается о приключениях царицы Иаманети – Русудан и ее семьи. Сюжет произведения построен на основе двенадцати историй, рассказанных братьями царице.
В XVI-XVII веках были написаны продолжения «Витязя  в тигровой шкуре», сделаны дополнения к тексту. Переводились лучшие образцы персидской литературы. Из них следует отметить сборник басен «Килила и Дамана». Эти произведения первоначально начал переводить кахетский царь Давид I. Популярны были грузинские переводы «Шах­намэ» – или «Книга царей» – сборник мифо­логических преданий, легенд и историчес­ких фактов из жизни иранских царей.
Во второй половине XVII века было переложено на стихи «Амиран-Даред­жани­ани».
4. Искусство. В XVI-XVII веках в основном восстанавливались разрушенные во время войн и нашествий церкви и монастыри, но строились и новые церкви. Примечателен городской ансамбль Греми. В комплекс входили базарная площадь, бани, различные постройки и сооружения. До нас дошли лишь развалины города. Сохранилась церковь св. Архангела, построенная на вершине горы.
Значительным архитектурным памят­ни­ком является резиденция арагвских эриставов – Ананури. В комплекс входят две церкви и алтарь, окруженные крепостной стеной с высокими башнями. В этот период были построены: монастырь Ахали Шуамта, Мчадиджварская церковь, Анчисхатская и Ниноцминдская колокольни, дворец Ростома, а также важное оборонительное сооружение – Ксанская крепость.
В фресковой живописи большое место занимают портретные изображения царей и мтаваров (имеретинских царей в Гелати, кахетских царей в Греми и т. д.). Продол­жается украшение рукописей миниатюрами. В этом отношении заслуживает внимания работа Мамуки Тавакарашвили – украшенная миниатюрами рукопись «Витязя в тигровой шкуре». Мамука был секретарем у имерет­ского царя Георгия III. Он попал в плен к одишскому правителю Левану II Дадиани, где и продолжил свою деятельность. Он сделал также копию рукописи «Витязь в тигровой шкуре».
Несмотря на тяжелое положение в стране грузинская культура продолжала развиваться.

Большая часть территории Самцхе-Са­атабаго была захвачена османами, но борьба с ними продолжалась. Атабаг Манучар II пытался воспользоваться противоречиями между Ираном и Турцией и с помощью Ирана изгнать османов. С этой целью в 1605 году Манучар вел переговоры с иранским шахом Аббасом I. Шах сам стремился завоевать всю Самцхе-Саатабаго, и видя, что союз с Манучаром ему наруку, он пообещал ему помочь.

После смерти Манучара борьбу с османами возглавила его жена, дочь Симона I – Елена. Во время Ирано-турецкой войны ей удалось с помощью картлийского войска взять Ахалцих (в этой борьбе участвовали и кызылбаши). Шах-Аббас признал атабагом Самцхе сына Манучара – Манучара III. На данном этапе шах удовлетворился вассальной зависимостью атабага и не проявлял своих истинных намерений. Главной задачей шаха было убедить атабага и все население княжества в своем лояльном к нему отноше­нии. К сожалению, грузины не смогли сохра­нить за собой Ахалцих – османы вновь заняли его.

Картли и Кахети, сами занятые ожес­точенной борьбой с кызылбашами, не могли оказать помощь Самцхе. Следует отметить, что некоторые грузинские политики (Тейму­раз I) собирались использовать османов для борьбы с кызылбашами. Османы умело пользовались этим, а Иран не собирался отказываться от Самцхе. В 20-ых годах XVII века иранцы заняли Ахалцих. Шах поставил здесь своего наместника, который тотчас приступил к окызылбашиванию населения. Ясно было, что истинные намерения Ирана и Турции по отношению к Грузии ничем не отличались друг от друга. Примечательно, что и Иран, и Турция стремились захватить именно Самцхе и Ахалцих. Остальные части Месхети: Тао, Кларджети, Шавшети, Кола, Артаани уже давно были завоеваны Турцией. Этим было обусловлено участие самцхийского атабага Манучара III в битве против кызыл­башей при Марабде (1625). До этого Ману­чар собирался с помощью кызылбашей выс­тупить против османов.

После Марабдинской битвы и уничто­жения кызылбашей в Ксанском ущелье, Георгий Саакадзе перешел в Самцхе. В 1625 году в Ас­пин­дзской битве он разбил иранцев и взял зна­чителные крепости – Ацкур­скую и Хер­твисскую. После этого иранцы сами покинули Ахал­цих. Георгий Саакадзе обра­тился за помощью к турец­кому султану Мураду IV, который пообещал ему по­мощь, но на деле ничего не сделал. Османы в тот момент вели бои за взятие Багдада. Султана устраивало, чтобы иранцы прислали свое войс­ко в Грузию, так как это облег­чало османам борьбу. Поэто­му султан советовал Георгию продолжить борьбу. Георгий вскоре покинул Сам­цхе и вернулся в Картли.

Манучар III был вынуж­ден явиться к султану и изъ­явить ему свою покор­ность. Султан был бы рад иметь в его лице союзника в войне с Ираном. Поэтому он на сей раз пошел на «уступки» и утвердил Манучара атабагом, не потребовав от него отречения от христианства. На обратном пути к Самцхе Манучар был отравлен своим дядей. Османы воспользовались создавшейся ситуа­цией и в 1628 году Чилдырским (Ахалцих­ским) пашой назначили омусульманившегося дядю Ману­чара Сафара-пашу.

В 1639 году между Ираном и Турцией был заключен договор, согласно которому все княжество Самцхе-Саатабаго осталось за Турцией. Таким образом, Грузия потеряла третью часть своей территории. Судьба грузин Самцхе-Саатабаго зависела только от них самих, так как помощи ждать было неоткуда. Оставшись один на один с врагом, самцхийцы вынуждены были либо покинуть Самцхе, либо омусульманиться. Лишь определенная часть самцхийского населения сохранила свою православную веру. К этому периоду отно­сится распрос­транение католичества в Сам­цхе-Саатабаго. Османы католиков притес­няли меньше, чем православных. Поэтому часть самцхийцев мусульманству предпочла като­лическую веру.

Грузии не удалось вернуть себе свои исконно грузинские земли Самцхе-Саата­баго. Тем не менее грузины не прекращали борьбу против османского владычества.