В 1220-е годы войска степняков из Дешт-и-Кипчак под началом Чингизидов прошли через Малую Азию и Закавказье, подавив сопротивление грузинских и армянских сил. Большая часть Грузии, вся Армения и центральная Анатолия попали под власть Степной империи.

Султан Хорезмский Джалал-Эд-Дин напал на Грузию в 1227 году. Сначала грузинское войско доблестно отразило атаку врага, но жившие в Тбилиси персы ночью открыли ворота в город и впустили вражеские войска. Тех, кто откажется от христианства, обещали оставить в живых, остальным отсекали головы. Пожертвовали жизнью ради святынь сто тысяч грузин.

В 1243 году царица Русудан заключила мир с монголами, согласившись платить дань монголам и разрешив им занять и фактически управлять примерно половиной грузинской территории. Занятый монголами Тбилиси формально оставался столицей, но царица отказалась возвращаться туда и правила, находясь в Кутаиси до своей смерти в 1245 году. После этого даже оставшаяся часть начала распадаться. Самцхе, южная провинция Грузии, заключила сепаратный мир с монголами и к 1266 году фактически отделилась от Грузии.

Между 1259 и 1330 годами Грузия вынуждена была вести постоянную борьбу с ильханами за независимость. Первое восстание против монголов началось в 1259 году и продолжалось почти тридцать лет. Его возглавлял царь Давид Нарин. В дальнейшем борьба против монголов продолжалась при царях Деметре II (1270—1289) и Давиде VIII (1293—1311). Царь Георгий V Блистательный (1314—1346), воспользовавшись ослаблением ильханов, перестал платить им дань и восстановил Грузию в границах до 1220 года. Он упрочил царскую власть и возродил разрушенную монголами страну.